Nessa terceira década, a Anamt tornou-se mais aberta e mais forte, do ponto de vista institucional, mostrando-se mais independente. Foi a década em que os seminários regionais se consolidaram. Os congressos da época possibilitaram a integração com os demais países da América Latina e sedimentaram o prestígio da entidade, com um número cada vez maior de congressistas e uma melhor qualidade dos trabalhos apresentados.
O ano de 1993 foi importante na história da SST no Brasil como um todo. Além de a Anamt ter lançado o Código de Conduta dos Médicos do Trabalho, foi nesse ano que surgiu o relatório da Comissão Interministerial de Saúde do Trabalhador, que incluía princípios de atuação conjunta de órgãos do governo.
Essa mobilização acabou convergindo na realização da II Conferência Nacional de Saúde do Trabalhador, em março de 1994, resultado de pré-conferências realizadas em quase todos os estados do país. Com a presença de cerca de mil delegados, a conferência foi uma oportunidade de encontro para representantes de sindicatos, servidores públicos, organizações acadêmicas e associações de classe.
O fim da terceira década de existência da Anamt foi marcado, em 1996, pela candidatura e vitória do Brasil para sediar o XXVII Congresso da ICOH, em 2003. Os 30 anos de existência ficaram em sua história como uma época de intensa atividade internacional tanto na América Latina como por meio da ICOH, quando a Associação participou, por exemplo, da fundação da Associação Latino-Americana de Saúde Ocupacional (ALSO).
